С октября 2000 года по февраль 2009 года город Баткен находился в подчинении района. В соответствии с Законом Кыргызской Республики от 1 декабря 2008 года № 247 об исключении города Баткен из Баткенского района Баткенской области Кыргызской Республики и присвоении ему статуса города областного значения, типовая структура и численность аппарата Баткенской мэрии утверждены постановлением Правительства Кыргызской Республики от 19 февраля 2009 года № 130.

Административными границами города Баткен являются: с северной стороны Карабакское аильное управление, с юга - Карабулакское аильное управление, с восточной стороны - Даринское аильное управление, с запада - Самаркандекское аильное управление. А Догманская пастбище города граничит с Республикой Таджикистан.

Сегодня общая площадь города Баткен составляет 43484 га.  Численность постоянного населения по состоянию на 01.01.2025. Касательно: г.Баткен - 36852 чел.